使用呼吸机不仅能够消除睡眠呼吸暂停综合征患者的夜间呼吸紊乱，还可以改善其睡眠的结构，从而对由于睡眠呼吸暂停而引起的机体损害及所出现的并发症发挥治疗作用。 呼吸系统效应：睡眠呼吸暂停综合征患者长期睡眠结构紊乱，上气道肌肉的活动功能下降使用呼吸机不仅能够消除睡眠呼吸暂停综合征患者的夜间呼吸紊乱，还可以改善其睡眠的结构，从而对由于睡眠呼吸暂停而引起的机体损害及所出现的并发症发挥治疗作用。
呼吸系统效应：睡眠呼吸暂停综合征患者长期睡眠结构紊乱，上气道肌肉的活动功能下降，上气道软组织水肿较明显，加重了上气道阻塞。经呼吸机治疗后，除消除了夜间呼吸紊乱、上气道的水肿减轻或消失外，对患者白天的血氧紊乱也有作用，可使血氧上升，CO2下降，血液的酸碱度恢复正常，肺动脉压降低，还可以提高部分患者呼吸控制功能，增加其呼吸中枢对各种刺激的敏感性，用机3-4天后即可出现上呼吸道肌肉活动功能增强。
心血管系统效应： 可纠正部分由於睡眠呼吸暂停综合征（SAS）而引起的心律失常及高血压，增加心脏的射血量，改善心肌本身的供血功能，降低心血管疾患的死亡率。
消化系统效应： 对合并夜间胃食管反流的SAS患者，CPAP呼吸机可以减少反流的次数，减轻酸性物质对食管的刺激作用，从而改善患者的食管反流症状。泌尿系统效应： CPAP呼吸机可以减少SAS引起的尿量增多，使夜间的小便次数减少。
血液系统效应：CPAP呼吸机可以使SAS患者的红细胞生成减少，血容量增加，从而降低血红细胞的含量，血液的粘度降低。
神经精神系统效应：CPAP呼吸机可以改善SAS 患者大脑的血液及氧气供应，使其记忆力、反应能力、思维能力等部分或全部恢复正常内分泌代谢系统效应：SAS患者由于长期缺氧及睡眠紊乱引起的内分泌、代谢紊乱，经CPAP呼吸机治疗后，消除SAS患者缺氧及睡眠紊乱，可使生长激素等机体内许多内分泌恢复正常，男性患者的性功能改善。