压缩机对于分子筛制氧机来说是非常重要的一个配件，压缩机的作用是将空气加压，为分子筛提供压缩空气的作用，压缩机性能决定了制氧机的制氧性能。
而压缩机一般分为进口压缩机和国产压缩机，还有鱼跃制氧机等品牌使用的爱普力压缩机，进口压缩机一般是托马斯压缩机，国产压缩机一般是GSE压缩机。
国产制氧机大部分是采用的国产压缩机，国产压缩机的使用一般只能连续使用8小时左右，而使用托马斯压缩机的进口制氧机通常能够24小时连续使用，所以说国产压缩机在使用性能上和进口压缩机还是相差很大的。鱼跃制氧机使用的爱普力压缩机是中德合资品牌，爱普力压缩机也是能够连续24小时使用的，不过一般建议是使用15小时左右停机1小时散热，毕竟爱普力压缩机的研发时间没有托马斯压缩机时间那么长，所以压缩机性能还是有些不足的。
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