呼吸机的消毒应遵循先彻底清洗，尤其是接触患者的呼出气体的部分，如管道、加温湿化器和呼气阀等（部分呼吸机带细菌过滤器），可先用清洗剂冲洗，将其中的分泌物，痰痂等彻底清除，然后再消毒。消毒后经蒸馏水冲洗晾干备用。经化学消毒剂消毒后的呼吸机管路应用蒸馏水清洗，而不建议用自来水，以免造成不必要的污染。
清洁：
(1)管路清洁：要仔细检查管道内有无痰痂、血渍、油污及其他脏物残留，若不冲洗干净则难以达到彻底消毒的目的。
(2)传感器的清洗：由于传感器属精密的电子产品，价格昂贵，并且有各自的性能特点，必须根据各自呼吸机的说明书或操作指南进行清洗。
(3)呼吸机内部主机的清洁：呼吸机内部主机多为电子原件，不能使用常规方法清洁，需由工程师定期保养。
(4)呼吸机外壳的清洁：呼吸机外壳可用温水纱布轻轻擦净。明显污染时可用酒精或含氯消毒剂擦拭。
呼吸机管路消毒：
目前，呼吸机管路的消毒常用方法有化学消毒方法、气体熏蒸法、热力消毒法。
消毒过程两步骤：
用清洗方法去除尽可能多的微生物；化学、熏蒸灭菌方法去除剩余的微生物。
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